رغم وقوع "سيوة" وسط الصحراء إلا أن المياه العذبة تنتشر في أرجائها في صورة عدد كبير من الآبار والعيون، يصل إلى 200 عين يتدفق منها يومياً 190 ألف متر مكعب من المياه، تستخدم لأغراض الري والشرب وتعبئة المياه الطبيعية والعلاج، ويختلف مقدار مياهها من بئر لآخر، وتتجمع أحياناً في منطقة واحدة، ومنها الساخن والبارد والحلو والمالح بالإضافة إلى العيون الكبريتية، ومن تلك العيون عين تجزرت، عين الدكرور، عين قوريشت، عين الحمام، عين طاموسة، عين خميسة، عين الجربة، عين الشفاء، عين مشندت، ومن أشهرها:
عين كيلوباترا: هي من أكثر مزارات سيوة السياحية شهرة، وتعرف أيضاً بعين جوبا أو عين الشمس، وهي عبارة عن حمام من الحجر يتم ملؤه من مياه الينابيع الساخنة الطبيعية، ويدعي البعض أنها سميت تيمناً باسم الملكة المصرية التي سبحت فيها بنفسها أثناء زيارتها لسيوة، فيما ينفي البعض أن هذه الزيارة حدثت من الأساس.
عين فطناس: تبعد حوالى 6 كم غرب سيوة وتقع بجزيرة فطناس المطلة على البحيرة المالحة ويحيط بها أشجار النخيل والمناظر الطبيعية الصحراوية.
عين واحد: تسمى أيضاً "بئر بحر الرمال الأعظم"، وهو ينبوع كبريتي ساخن على بعد 10 كم من الواحة بالقرب من الحدود الليبية في قلب بحر الرمال الأعظم.عين كيغار: تنتشر بسيوة عيون المياه التي تستخدم للأغراض العلاجية من الأمراض الصدفية الروماتزمية، وتعد عين كيغار أشهرها حيث تبلغ درجة حرارة مائها 67 مئوية وتحتوي على عدة عناصر معدنية وكبريتية.