بفضل وجود مناطق بيئية متنوعة بها فإن اندونيسيا لديها مجموعة متنوعة من الحيوانات والحياة البحرية ، هذا هو تماما عكس ما رأيت آخر على هذا الكوكب.
الجزر الاندونيسية فتنت علماء الطبيعة لمئات السنين بسبب عدد هائل من الأنواع المتوطنة ومجموعة لا تصدق من الحيوانات سواء كانت من أصل آسيوي أواسترالي. خط والاس البيولوجي هو الحد الفاصل بين الأصول الأسيوية والاسترالية للحياة البرية إلى الغرب من الخط (ساندالاند - سومطرة وجاوا وبالي وكاليمانتان )- حيث التابير والدببة الشمس تسكن بين وحيد القرن في آسيا والنمور والأفيال والقردة utans. إلى الشرق من الخط ( بابوا)، وتعتبر موطنا لأنواع الاسترالية مثل حيوان الكنغر شجرة الولب، echidnas وأكبر منها، كاسوواريس التي لا تطير. مناطق سولاويزي وجزر مالوكو ونوسا تينجارا لديها مزيج فريد من الأنواع الآسيوية والأسترالية على حد سواء.
[h=3]جواهر البر والبحر[/h] بسبب فصل الجزر من البر الرئيسى لأكثر من 200 مليون سنة، تطور عدد كبير غير عادي من الأنواع المتوطنة هنا. أكثر من 125 من أنواع الثدييات زائدة عن التي توجد في أي مكان آخر في العالم. سولاويزي تعد موطنا لanoa (الجاموس القزم)، babirusa (خنزير الغزلان)،. الأنواع الأكثر شهرة هو التنين كومودو من نوسا تينجارا، ولكن الجزر الاندونيسية أيضا إيواء ما يقرب من 50 نوعا منها 30 ضفدع هم من السكان الأصليين لهذه المنطقة. هذا غير أنواع الطيور.
الحياة البحرية هي متنوعة بالمثل. البحار العوالق الغنية دافئة ونظيفة،هي بيئة مثالية لبعض الشعاب المرجانية الأكثر تنوعا بيولوجيا في العالم، حيث أشكال من أنواع الأسماك تزدهر والاكتشافات الجديدة ليست غير عادية.
[h=4]أقدم الأسماك في العالم[/h] يوجد في سولاويسي أقدم الأسماك المعروفة في العالم والتي يعود تاريخها إلى 70 مليون سنة وهي سمكة السيلاكانت التي تسكن الكهوف الحمم تحت الماءخلال النهار على عمق (20-600م) وهي لها زعانف مفصصة تشبه الأرجل مما يضعها في قاعدة تطور الحيوانات التي تمشي على أربع ويتم الحفاظ على العينة فى متحف Zoologicum Bogoriense في جاوة.