شهدت قلعة جوهور القديمة (أو كوتا جوهور لاما) حروبًا ضارية بين الملاويين المحليين وقوات الغزاة التي أتت من الخارج بنيت هذه القبعة في عام 1540 في عهد السلطان علاء الدين ريات شاه الثاني (1528-1564) وقد كان هذا الصرح بمثابة أفضل حصن للدفاع بني على ضفاف نهر جوهور آنذاك وبعد سقوط السلطنة المالاوية في مالاكا في عام 1511، بات نهر جوهور هو المركز الإداري وحصن الدفاع لصد عدوان البرتغاليين في مالاكا وقد ساعد أن الموقع الجغرافي المتميز والبيئة الطبيعية للقلعة في تسهيل مراقبة حركة السفن ولاسيما سفن الآتشيين (نسبة إلى إقليم آتشيه بإندونيسيا) والبرتغاليين وفي عام 1587 سطا البرتغاليون على هذا الحصن، وحرقوه بكل ما فيه وسرقوا محتوياته بما في ذلك الأسلحة التي كانت بداخله .